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Die Festsetzung von Höchstgehalten für Pestizidrückstände in Lebensmitteln orientiert sich in der Regel (Abweichungen siehe unten) an der so genannten guten landwirtschaftlichen Praxis. Pestizidhersteller führen meist in verschiedenen Ländern kontrollierte Feldversuche durch, die in einer oder mehreren ordnungsgemäßen und wirksamen Anwendung(en) des Pestizids in der jeweiligen Fruchtart bestehen. Ist die Frucht reif, werden auf dem Feld einzelne Proben genommen und zu einer repräsentativen Mischprobe vermischt. Die in dieser Mischprobe enthaltenen Rückstände werden in Untersuchungslaboren bestimmt.
Hat der Hersteller beispielsweise zehn Feldversuche in zehn Ländern durchgeführt, ergeben sich ebenso viele unterschiedliche Rückstandergebnisse. Diese können sich abhängig von Klima und Wetter erheblich voneinander unterscheiden. Für die Festsetzung der Höchstgehalte zieht man den höchsten Rückstand aus allen Versuchen heran. Mit diesem höchsten Rückstand und unter Berücksichtigung der Verzehrsmengen und verschiedener anderer Faktoren wird nun geprüft, ob eine chronische oder akute Gesundheitsgefährdung für den Verbraucher vorliegen kann.
Liegt keine offensichtliche Gefährdung des Verbrauchers vor, setzt man statistische Verfahren ein, mit deren Hilfe der höchste Rückstand zu einem vollen Wert aufgerundet wird. Dieser Wert wird dann als Höchstgehalt vorgeschlagen. So kann aus einem höchsten Rückstand von 0,08 mg/kg ein Höchstgehalt von 0,2 mg/kg werden. Mit der eingangs erwähnten guten fachlichen Praxis hat dieser deutlich höherer Höchstgehalt kaum mehr etwas zu tun. Der "fertige" Höchstgehalt wird nicht noch einmal auf gesundheitliche Unbedenklichkeit überprüft, obwohl er in diesem Fall erheblich höher als der höchste Rückstand ist. Das führt unter Umständen dazu, dass die Akute Referenzdosis (ARfD) überschritten wird, wenn ein Höchstgehalt erreicht oder überschritten wird.
Ist ein höchster Rückstand gesundheitlich bedenklich, werden normalerweise die Anwendungen eingeschränkt und/oder die Wartezeiten zwischen Anwendung und Ernte verlängert. Der Hersteller muss in diesen Fällen die Versuche mit den Beschränkungen wiederholen und neue Daten liefern. Die Daten zur Festlegung einzelner Höchstgehalte stehen für die Öffentlichkeit bisher nicht zur Verfügung, da es sich um vermeintliche Geschäftsgeheimnisse der Pestizidhersteller handelt.
Im Zuge der EU Harmonisierung der Höchstgehalte durch die
Verordnung 396/2005/EG wich man bei etwa 230 Pestiziden von der üblichen Vorgehensweise ab. Die Europäische Kommission sammelte für diese Pestizide alle nationalen Höchstgehalte aus den (damals) 25 Mitgliedstaaten und von der internationalen Codex Alimentarius Kommission. Danach prüfte die EFSA den jeweils höchsten Gehalt hinsichtlich seiner potenziellen gesundheitlichen Gefährdung. Überschritt der höchste Gehalt keinen der beiden Grenzwerte (ADI und ARfD), wurde er als EU weit gültiger Höchstgehalt festgelegt. Potenziell unsichere Höchstgehalte wurden herabgesetzt oder beibehalten, wenn nach weiterer Überprüfung das Risiko niedriger eingeschätzt wurde. Probleme aus Sicht des Verbrauchers
Der Höchstgehalt soll die Menge an Rückstand widerspiegeln, die nach einer fachgerechten landwirtschaftlichen Anwendung maximal zurückbleibt und die soll möglichst ungefährlich für den Verbraucher sein. Der Höchstgehalt schützt zunächst nicht per se alle Verbraucher. "Unsichere", das heißt gesundheitlich bedenkliche Höchstgehalte, sorgten deshalb in der Vergangenheit für große Aufregung. Beispiele dafür sind Tafeltrauben, bei denen die Akute Referenzdosis vollständig ausgeschöpft wurde, und damit eine gesundheitliche Gefährdung nicht ausgeschlossen werden kann.
In der Vergangenheit wurde nämlich ein erwachsener Mensch von 60 kg als Referenzperson für die Risikobewertung auf europäischer Ebene herangezogen. Sie ist natürlich wesentlich weniger empfindlich als ein Kleinkind. Die an ihr geprüften Rückstände können daher viel höher sein als am Vergleichsmaßstab Kleinkind geprüfte Rückstände.
Die EU hat diese Art der Risikobewertung prinzipiell korrigiert, so dass sich zukünftig alle Höchstgehalte in der europäischen Union am kindlichen Verbraucher orientieren. Gegenwärtig bestehen allerdings noch bedenkliche Höchstgehalte (siehe auch
Greenpeace Studie: "Die unsicheren Pestizidhöchstmengen in der EU"). Ein weiteres bisher ungelöstes Problem sind die Mehrfachrückstände in Lebensmitteln. Viele Proben enthalten die Rückstände mehrerer Wirkstoffe. Teilweise werden mehr als zehn unterschiedliche Rückstände gefunden. Es gibt keine Begrenzung der Anzahl der Wirkstoffrückstände - so lange jeder Rückstand unterhalb des gesetzlich festgelegten Höchstgehalts bleibt. Die EU Verordnung schreibt zwar eine Berücksichtigung der Mehrfachbelastung vor, diese Klausel wurde aber bisher nicht umgesetzt.